生理学研究所は、自然科学研究機構の一部であり、国立天文台、核融合科学研究所、基礎生物学研究所、分子科学研究所と共に、自然科学分野の中核的研究機関です。当研究所は宇宙、エネルギー、物質、生命に関する研究を推進しており、最先端の設備を大学や研究機関の研究者に提供しています。また、研究者コミュニティの支持の下、各研究所の役割と機能を充実させ、専門分野における最先端の研究を進めています。大学共同利用機関法人として、大学と協力して独創的な研究の基盤を提供し、研究者コミュニティの繁栄を促しています。自然科学研究機構は、幅広い学術領域をカバーしており、大学との連携が重要視されています。将来の大学共同利用機関のあり方に関しても、さらなる取り組みが行われています。自然科学研究機構は、科学を通じて高等教育の重要性や社会へのその浸透を促す活動にも注力しています。